Собрание музея включает в себя архив документов, писем, воспоминаний бывших узников ГУЛАГа; коллекцию личных вещей, принадлежавших им и связанных с историей пребывания в заключении; коллекцию произведений искусства, созданных художниками, прошедшими ГУЛАГ, и современными авторами, предлагающими свое осмысление этой темы.
Экспозиция музея посвящена истории возникновения, развития и упадка системы исправительно-трудовых лагерей, важнейшей составляющей государственной машины в 1930–50-е гг.; ее политико-административной и экономической роли. В залах музея также представлены судьбы различных людей, ставших жертвами репрессивной политики и оказавшихся в заключении. Важной частью экспозиции является реконструкция некоторых деталей лагерной повседневности: фрагмент барака заключенных; карцер; кабинет оперуполномоченного; вышка часового (во внутреннем дворе). В музее проводятся экскурсии на русском и английском языках.
Музей организует стационарные и передвижные выставки на основе фондовой коллекции и в сотрудничестве с другими музеями, архивами, коллекционерами, художниками и фотографами. Регулярно проходят заседания, встречи и презентации, посвященные новым исследованиям истории ГУЛАГа и проблемам, связанным с ее осмыслением.
В залах и во внутреннем дворе музея проводятся спектакли, концерты, творческие вечера и перформативные акции.
